Лишь спустя пять лет, в годы Великой Отечественной войны, во время немецкой оккупации края, поздней осенью 1941 г. в Луге был вновь открыт храм Казанской иконы Божией Матери. Первоначально священник откуда-то приезжал, затем у храма появился свой настоятель. Им стал протоиерей Николай Заблоцкий, служивший в храме в 1941-1944 гг., вторым священником служил свящ. Алексий Налимов, диаконом — протодиакон Андрей Журавлев, служивший в Луге еще до революции. В Казанской церкви убранство также было расхищено и уничтожено (до войны здесь был склад, а в августе 1941 г. в храме размещался штаб 41 корпуса генерала Останина), пропал стоявший до закрытия иконостас. По крупицам богомольцами восстанавливалось прежнее благолепие, в храм приносились святыни, как бывшие в нем прежде, до закрытия, так и из других закрытых и разоренных Лужских храмов. Так, в храм попал сохраненный в домах прихожан чудотворный образ св. ап. Иоанна Богослова из Череменецкого монастыря, св. равноап. кн. Ольги и св. равноап. кн. Владимира — из Воскресенского собора.
При храме и в школах возобновилось преподавание Закона Божия. В лужском Казанском храме регентом, бывшим псаломщиком Смёшинской Успенской церкви (выпускником С.-Петербургской Духовной семинарии, бывшим учителем, преподававшим в земских школах Лужского уезда), Яковом Яковлевичем Львовым (1883-?), был организован хор. Церковным старостой в 1943-1944 гг. служил С.Е. Ефремов (1885-?), происходивший из крестьян Середкинской волости Лужского уезда.
В 1945-1947 гг. настоятелем Казанского храма сложил протоиерей Александр Архангельский, при нем прихожанкой храма М.Д. Яронович была куплена половина дома для Казанского прихода, ибо в послевоенные годы батюшкам приходилось жить в подвале храма, условия жизни духовенства были очень стесненными. Вторым священником в храме в 1945-1947 гг. был печально известный свящ. Михаил Петров, бывший обновленческим «епископом Лужским», многих людей оттолкнувший от Церкви, ныне покаявшийся. Таким образом, в Луге к 1947 г. вновь действовал один-единственный Казанский храм. С этого года он стал кафедральным собором, ибо тогда, после войны было воссоздано Лужское викариатство С.-Петербургской епархии, епископом на Лужскую кафедру был поставлен (при митрополите Григории (Чукове)) Преосвященный Симеон (Бычков) (1882-30.06.1952), с 1948 г. ставший ректором воссозданной С.-Петербургской Духовной академии и семинарии.